Le Methotrexate (Novatrex®) est un traitement de fond très efficace, tout en étant maniable (effets secondaires limités avec des contrôles biologiques précis). Ce traitement est donc particulièrement recommandé pour les polyarthrites de gravité moyenne ou sévère.

Le Plaquenil est actuellement moins utilisé statistiquement que le Methotrexate car il paraît d’une efficacité moindre, avec un taux élevé de « non répondeurs ». Ce Plaquenil, à côté d’effets secondaires mineurs, peut provoquer des dépôts cornéens (repérés par un examen à la lampe à fente). De plus, de façon non obligatoire et pas avant trois ans de traitement à la dose de 400 mg/j., ce médicament entraîne des dépôts rétiniens non réversibles, se traduisant par une limitation du champ visuel.